Ahora, la paciencia en cuanto a la situación de los alienígenas se ha agotado. El control sobre los extraterrestres ha sido delegado en Multi-National United (MNU), una compañía privada que lo que le interesa no es el bienestar de los alienígenas sino las formidables ganancias que les podría reportar su impresionante armamento, en el caso de que pudieran hacerlo funcionar. Hasta el momento no lo han logrado; la activación de las armas requiere ADN alienígena.
La tensión entre los extraterrestres y los humanos llega a un punto crítico cuando un operario de campo, Wikus van der Merwe (Sharlto Copley), contrae un misterioso virus que empieza a transformar su ADN. Wikus de la noche a la mañana se convierte en el hombre más perseguido del mundo y, a la vez, el más valioso, porque es la clave para descubrir los secretos de la tecnología alienígena. Marginado y sin amigos, solo le queda un lugar en el que poder ocultarse: el Distrito 9.