Las discrepancias entre el estudio y el director vinieron desde que los primeros querian que fuera un villano de primera categoria (o sea, muy popular) el que se enfrentara con el trepamuros, mientras que Raimi quería al Buitre, encarnado por John Malkovich. Además, de cara a la comercialización de productos complementarios, la Hasbro no veía futuro a muñecos de un viejo de 60 años (lo cual resulta curioso porque lo mismo pensaban del viejo de la película Up, y luego ha resultado ser un éxito).
Además Raimi había quedado alucinado tras ver la película Avatar, de James Cameron, y su intención era hacer algo de ese estilo en Spider-Man 4, lo cual hubiera encarecido el producto final, algo a lo que los productores se negaron. Pero la mayor polémica viene por la supuesta sinopsis argumental que tenía Raimi en la cabeza (y que cerraría su participación en la saga). Ahi va:
Tras olvidar a MJ, Peter Parker se enamora de nuevo de otra chica, descubriendo que es la hija de El Buitre. Parker se debatirá entre el amor hacia su nueva compañera y la derrota del nuevo villano, decidiendo cumplir con su obligación de superhéroe y por lo tanto venciendo a su “suegro”. Tras ello su novia le rechaza enfadada y Peter decide abandonar sus superpoderes, acabando la película con Parker tirando su máscara de Spider-Man.